Cool, gleich mal die Dateien downloaden und schauen wie weit man damit kommt. 

Also die MT_INSTALLER.nds auf meine SC DS2 gepackt, die Launcher.dat auf eine frische SD, beides in den 3DS. 

Dann den Installer gestartet (der genau aussieht wie bei der GW3DS) und durchgeführt.

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Im Hauptmenü bei Systemeinstellungen -> Allgemeine Einstellungen -> Nutzereinstellungen -> Nintendo DS-Nutzereinstellungen die L-Taste drücken um im Menü der MT-Card zu landen.

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Im Menü sind die Optionen:
Go Menu (man landet im Hauptmenü, normale Firmware, nicht wie bei der Gateway auf einer GW-FW.)
Select Game (wegen dem Multi-ROM, Gateway wird nicht erkannt, auch nicht wenn man die Spiele ohne win32diskmanager direkt auf die Karte kopiert, es kommt immer "Read Card Error")
Coming Soon (Einstellungs-Zeichen)
Coming Soon (anderes Zeichen mit Bildschirm)
Coming Soon (Download zeichen, könnte für ROM erstellen sein)

Klickt man dann mit "A" auf Go Menu, landet man im normalen Menü, laut Einstellungen auf meiner normalen FW4.1.
Das ist laut Anleitung so gewollt.
Auch wenn ich ohne L-Taste direkt starte, lande ich im normalen Menü mit FW4.1.

ROM Auswahl soll also (wegen Multi-Rom) über das Menü erfolgen.
Wie gesagt, Gateway wird nicht erkannt.

Notizen/Versuche:

GW_INSTALLER.nds mit MT-Launcher.dat landet man im MT-Menü. Dort ist dann mangels Karte Ende.
MT_INSTALLER.nds mit GW3DS-Launcher.dat landet man im GW3DS-Menü, von dort aus in den GW-Mode (EmuNand) lassen sich ROMs starten.

Daraus schlussfolgere ich eiskalt dass GW_INSTALLER.nds und MT_INSTALLER.nds gegeneinander austauschbar sind bzw. das selbe.
Auch haben beide 160KB.